《忍者龙剑传4》的故事设定在近未来的东京。这座城市被古老诅咒笼罩，瘴气雨弥漫。机甲忍者部队与异界魔物肆虐，城市陷入危机。玩家将扮演天才忍者八云，出身于与隼族同源的鸦族，拥有“血杀忍术鵺式”等独特技能。八云肩负着驱逐黑龙、拯救东京的使命，他将与回归的传奇忍者隼龙携手，共同对抗宿敌，揭开古老诅咒的秘密。